Nell'autunno del 1750, a seguito della decisione del senato, aprì le sue porte l'istituto prestigioso con 36 professori, di cui erano scelti ogni anno accademico gli insegnanti per le quattro materie principali. Queste erano “figura”, “scultura”, “ritratto”, “paesaggio”, alle quali è stato aggiunto nel 1768 il corso della “prospettiva e l'architettura”. Lo scopo dell'istituto non è stato soltanto quello di formare degli artisti “professionisti” e di altissimo livello ma anche quello di restaurare, conservare e salvaguardare le opere pubbliche della Serenissima.
Da questa motivazione nacque nel 1777 per merito dell'accademico Pietro Edwards “l'autentica Carta del Restauro ante litteram”, contribuendo più tardi, alla "Instituzione di una Formale Pubblica Scuola pel Ristauro delle danneggiate Pitture". Nel frattempo continuò a crescere la “Veneta Academia di Pittura, Scultura e Architettura” nel 1807 e venne riformata in "Accademia Reale di Belle Arti". Avendo bisogno di più spazio l'istituto si spostò nell'ex convento, chiesa e scuola di Santa Maria della Carità, opera di Andrea Palladio.
L'istituto accumulò una quantità enorme di opere artistiche soprattutto per fini didattici, i manoscritti, gessi, cartoni dei suoi allievi, che formarono il primo nucleo della sua collezione. Questa durante gli anni crebbe continuamente, attraverso donazioni di collezionisti, appassionati privati ed enti pubblici. Dopo la caduta della Serenissima sono state spogliate le chiese, i palazzi e questo tempio dell'arte fu un “rifugio” per queste opere che rischiavano di andare perdute.
Il museo ospita oggi la più ricca collezione di dipinti veneziani e veneti, dal Trecento bizantino e gotico agli artisti del Rinascimento, Bellini, Carpaccio, Giorgione, Veronese, Tintoretto e Tiziano per arrivare a Giambattista Tiepolo e ai vedutisti settecenteschi, Canaletto, Guardi, Bellotto, Longhi. Artisti che influenzarono tutta la storia della pittura europea. Nel 2004 l'Accademia si è trasferita la sua sede principale nell'ex Ospedale degli Incurabili, in sestiere Dorsoduro mentre dal 2005 sono lavori in corso nella Chiesa Santa Maria della Carità per ampliare e rendere accessibile lo spazio espositivo. Così, alla fine dei lavori potremmo vedere su 12000 m² anche le opere che finora, per mancanza di sale espositive, erano immagazzinati.